“你想祈求什么呢？”
少年面带微笑，思绪回到了孩提时光……
夕阳、沙地、秋千……
生活就像钟摆在痛苦和乏味中摆动……
幼小的真嗣默默用沙堆堆砌金字塔，玩着玩着，其他小朋友们开心的和妈妈一起回家，而自己却总是孤身一人。
一怒之下，他毁了一切，望着被自己亲手毁掉的沙雕，不知作何的真嗣再一次堆砌起来。
创造，然后毁灭。真嗣就在这无尽的循环中消磨时间，没有爱，他不知道这一切存在的意义究竟是什么……
之后，真嗣拥有了上帝视角，他看到了被融合后的他人的记忆……
他看到美里和加持用着大人的方式来相互慰藉；
他在精神世界与明日香对话，听到了（自己心中的）她的心声与自白，还有她严厉却切中要害的指责。
真嗣的思绪一片混乱，迷茫中，他回到了那个他们一起住的小屋，奔向明日香。
“我能帮你点什么吗？我希望能和你一直在一起……”真嗣说。
“那就什么也别做，别再靠近我，你只会伤害我而已。”明日香头都没有抬。
“明日香，救救我。
呐！只有明日香你能救我了。”
“……”
“说谎！”明日香抬起眼，站起身，对真嗣步步紧逼，每一句话都戳中他的心窝。
“你其实是谁都可以吧！
因为你害怕美里和一号适格者，害怕父亲、母亲，你只不过是逃到了我这里而已！
你从没有喜欢过别人！
你心中只有自己，而你甚至都没有喜欢过自己！”
明日香一把推倒真嗣，咖啡壶打落在地，滚烫的咖啡浸染真嗣的衣衫，而这点痛苦远比不上他内心的痛。
“真可悲……”
真嗣缓缓起身、无能狂怒，在明日香再一次拒绝他之后，他一把掐住了明日香的脖子！
意识的碎片再次出现。
真嗣痛恨这个世界。
他原本以为这是一个没有讨厌的事物、没有背叛的世界，以为别人也和自己一样，然而那一开始就是自己的一厢情愿。
既然大家都不需要我，既然我的存在，对他人没有任何影响，既然大家都不需要理解他人，既然心的存在没有意义……
那就都别活了！
此时的客观世界里，黑之月已经上升到了大气层，真嗣做出了“毁灭”的选择。
人类补完计划要开始了……
大白丽伸出12只羽翼，灵魂之屋开始，世界起始与终结的大门终于要被打开。
在丽血色眼球的凝视下，每个人的心之壁打开了，肉身化为橙色的LCL溶液，人们的灵魂被回收。
如果心中有喜欢或者惦念之人，就可以在重见心爱之人的幻觉中变成橙色汁液，如果没有，就只能在恐惧中消亡。
冬月看见了碇唯；伊吹见到了律子；日向看到了美里……
每个人的AT立场都在消失，SEELE的成员也都化为了一滩水，留下的只是一堆神经连接机器，原来他们早有准备，妄图采用意识保存的方式获取永生。
碇源堂在弥留之际终于看到了唯，同时也袒露了心声。
“我在真嗣身边，只会让他受到伤害，所以还不如什么都不做。”
这父子都是把内心封闭起来之人，碇源堂一直以为妻子可以补全自己心中的空缺，现在他才恍然大悟，原来最大的空缺是对儿子的愧疚。
作为移植亚当胚胎的惩罚，碇源堂的结局是被初号机吞噬。
整个地球被成片的圣光十字架覆盖，亿万个红色的星点在惨叫声中飞出，那是所有人类的灵魂，它们都将回归黑之月。
随后，生命之门在莉莉丝的额头上展开，真嗣和初号机所形成的生命之树进入到了灵魂之屋，回归母体，倾听着全人类的思想与意识。
在那意识的混沌领域，无数只手在紧握交融，无数意识在互相接收，只有……
只有明日香，明日香坚决地拒绝了真嗣！
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