绫波丽听见了，真嗣在呼救。
在碇源堂自己的【补完】仪式刚刚结束的那一刻。
“解放AT力场、解放心之壁。
补完有缺陷的心灵，舍弃不必要的身体，让所有的灵魂在此刻合而为一。
然后，一起去唯的身边。”
说完，碇源堂伸出那只融合了亚当胚胎的手，握住丽的前胸，他们的肉体瞬间融合。
莉莉丝的灵魂与亚当的肉体实现了交融。
就在这时，绫波丽听到了真嗣震慑天际的呐喊。
初号机觉醒了，它身后的双翼幻化成了十字形光芒。月球上的朗基笃斯之枪受到召唤，迅速飞回地球，最终停在了初号机的脖颈前。
神枪的回归也意味着SEELE的人类补完计划仪式正式开始。
【让EVA量产机归于其原貌，带给我等人类福音的真貌，透过平等的死和祈祷，人们将归回于真貌。这也是灵魂的安息。】
祷词声毕，量产机开始了仪式。
它们抛弃了二号机的残骸，用朗枪钉住初号机的双手，并张口咬住十字光翼，刻下“圣痕”，使初号机悬停于一万两千米的高空上。
这画面仿佛耶稣受难。
……以初号机作为神的替身。
随着量产机的就位，S2机关的解放和AT力场反转，仪式开启，天空中出现了生命之树的圣光。
第三次冲击，到来。
地表的人类发出最后一声叹息，随后地表的一切都被爆炸吞噬。
地球上、巨大的球形核心露出，那是黑之月——人类生命的起源，莉莉丝之卵。
……
处于黑之月地底的碇源堂意识到时机已然成熟，要求凌波丽将成神的意志交给他，他要去见亡妻碇唯。
“我不是你的人偶。”
出乎意料的是，绫波丽选择了拒绝！
是了，从绫波丽想要掐断碇源堂的眼镜开始，从那破碎的镜片就可得见，丽已经摆脱了碇源堂的掌控。
她已经是第三个了，没有记忆却保有灵魂，继承了前两代的情感，在她灵魂深处对真嗣的感情是更为强烈的。
所以在听到真嗣的呐喊之后，丽凭借自己的意志，将碇源堂伸入自己体内，拥有亚当胚胎的手吸收，从手腕处切断了二者间肉体的联系。
同一个场景下，律子的“母亲”选择了男人，而真嗣的“母亲”选择了儿子。
“拜托……等等、丽！”
碇源堂绝望呼唤，这家伙终于也有翻车的一天。
接着，丽全身融入了莉莉丝体内，这白色的丑陋巨人挣脱了十字架上的钉子，逐渐幻化成了绫波丽的模样！
基地的幸存者们立刻发现有不明物体正在从最终教条区快速接近，她拥有AT力场，但不是使徒，是人类！
在众人惊讶的目光中，绫波丽就在他们面前中缓缓升起。
大白丽的肉身所过之处，一切人心深处的秘密都无所遁形，被窥探秘密的人无不崩溃尖叫。
初号机内，真嗣惊恐地看着大白丽就这么出现在眼前，精神彻底崩溃。
SEELE眼见计划出现误差，立即开始吟唱。
【通过EVA初号机驾驶员残缺的自我，对全人类进行补完。】
在大白丽的身边，量产机各就各位，结成环阵，AT力场产生共鸣并持续增幅，开始与大白丽同化。
量产机的鱼嘴头瞬间挤胀出一颗颗诡异人头。
真嗣被吓得SAN值狂掉，在无数次呼救无果后，他的精神逐渐恍惚，连初号机的核心都逐渐熄灭……
幻觉中，他将大白丽看成了渚薰，安详地闭上了眼。
朗基努斯之枪刺入初号机的核心，初号机获得了使徒拥有的生命之果与人类所拥有的智慧之果。
现在的初号机已经等同于神一般的存在，整个机体扭曲变形成了巨大的红色十字，十字底端衍生出无数根须，它被还原成了代表生命之芽的生命之树。
是拯救还是毁灭……全人类的命运交到了真嗣的手中。
在幻境中，耳边出现了妈妈的话语。
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