回到台湾处理了积压的政务，沈磊开始处理自己军事上的编制问题。军队的编制问题对战斗力不属于有决定性作用，也不是无关紧要的。主要是根据武器及作战样式进行最高效化编成的一个方式，如同打牌尽可能在样式上占优而已。
因此一支军队的编制也是比较重要的，特别是讲究战术配合者对编制更讲究，如戚继光编制的鸳鸯阵乃是每个士兵的作用都非常具体，属于多一人浪费，少一人不完整的地步。
这是古今士兵配合的极至，差不多达到了后世特种兵小分队的战术水准，在大部队作战层面的配合上这个技术却是比三三制还成熟或要求高几分。因为鸳鸯阵有挡，守、攻、支援等等配合，如同金庸小说中江南八怪，对付一人八人齐上，对付万人也是八人齐上。
戚继光乃是兵器配合作战，冷热兵器配合作战的大师，这方面没有人能超过他。之前即便也是诸兵种配合却是一队队的配合，如刀盾手整排在前，长枪手几排在中间，弓弩手处在后面支援。如鸳鸯阵才十个人就五六种兵器形成一个作战阵势实在是独一无二的，所以他算是这方面的顶峰。
戚继光在这方面达到极至但沈磊不可能学习，原因是他准备组织的是全火器部队，所武装的兵器只有火炮与火枪。因为兵器的不同，再照抄鸳鸯阵乃是胶柱鼓瑟，完全成为乱弹琴了。
当然因为此时要对付的乃是冷热兵器混用的军队，连排队枪毙时代还未到来，所以三三制之类战术也是无的放矢而已，这一现状沈磊要编制的是排列阵营放排枪为主的军队。
之所以此时才搞正式编制当然是以前武器还是冷兵器，也没有准备与谁打仗。到了海洋岛也只是守守城堡，编制上不必太讲究，一个城堡守卫着组织比较简单。所以前面编制也比较简单，一个班编制十四、五个人，一个连大致上一百五十人，只为省心些。
现在一方面武器研制完成，而在台湾怎么折腾也无事，也需要武装起正规军队了。这将第二营及水兵陆战营当作编制样板，他的计划此时是将营当作基础单位，这是此时他的兵力还少，第二点是此时他准备的作战任务在台湾可能的治安战及沿海岛屿控制清剿战。
而武器方面主要是四六型步枪与一号、二号火炮，所以他准备一个班为十二人，正副班长各一人；一个排为三个班三十六人加正副排长共三十八人，必要时配一个炮兵班三架一号炮十二人遂行最基础的作战任务。
排是最低独立作战单位，其上面是连，一个连三个步兵排，一个炮兵排，一个综合排。炮兵排三个班九架一号炮，综合排有侦通班、伙夫班、后勤班。一个连加一正一副连长，与正副指导员一百九十人左右。
一个营为三个步兵连，一个炮兵连，一个综合排。炮兵连二个二号炮排共十二架二号炮，一个警卫排与一个饲养运输排。综合排为警卫班、侦通班、后勤班。营部正副营长，正副教导员，参谋员，总兵力在八百五十人左右。
如此一个营即便是在陆地也可以遂行一般作战任务，如攻打大多数州县在兵力上已经足够了。而拆开来一个连遂行大多数登岛作战也能完成了，而作战样式暂时先练小纵队、横队、方阵及攻坚。攻坚乃是以攻打城墙或山寨，这也是由此时的作战任务所需要的。
让新编部队从纵队、横队开始训练，乃是此为基础。纵队为行军队形，或侧面掩护所用，而横队肯定是面对敌军进攻时阵线。这一点此时冷兵器与热兵器作战区别还不大。只不过冷兵器列阵前刀盾后弓弩手，中间还有长兵阵线，而火器就是三列步兵与炮兵，阵线单薄许多。
以此开始训练虽然新招了大量新兵，但骨干都是练习了好多年，新兵训练也是一个老兵带一个班先进行过所以难度不大。因为此时第二营虽扩编未久，老兵都已经进行过多年训练，新兵经过一段时间队列培训，基本功也是有了底，不至于队列转换训练也要从基础开始的了。
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