亚特兰蒂斯帝国禁军分为皇家舰队和近卫舰队。
皇家舰队有三大舰队：冠以帝国之名的皇帝御用舰队（下辖十五支皇家禁卫军团）以及南斗北斗两大皇家支援舰队（各自下辖六支和七支舰队共十三支舰队）。
近卫舰队则以天空的八十八星座命名，共有八十八支舰队。黄道十二宫为SSS级，每个有三个S级近卫集团军，共36个。其余76个SS级舰队每个有两个S级近卫集团军，共152个。
皇家支援舰队下辖六十五个A级战略支援集团军，充当消防员的角色，属于战略预备队。
皇家亚特兰蒂斯舰队（皇帝御驾EX级）
第一皇家禁卫军团（S级王牌部队）神话
第二皇家禁卫军团（S级王牌部队）神圣
第三皇家禁卫军团（S级王牌部队）神迹
第四皇家禁卫军团（S级王牌部队）神祗
第五皇家禁卫军团（S级王牌部队）神武
第六皇家禁卫军团（S级王牌部队）神威
第七皇家禁卫军团（S级王牌部队）神勇
第八皇家禁卫军团（S级王牌部队）神怒
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