与此同时，史密斯特工发动卡车，将电话亭撞成了粉碎，废墟中却没有崔尼蒂的尸体。
接下来是一系列的文戏，通过对话，观众们初步了解了这个世界的架构。
科比饰演的尼奥是一个黑客，母体和墨菲斯都在寻找他，在男女主角第一次见面之后，飞快的转入到了特工追捕尼奥的情节。
尼奥没有按照基努李维斯饰演的墨菲斯的指示逃走，最后被特工抓走，审讯中再次上演了不可思议的一幕。
“如果你不能开口话。”史密斯特工冷冰冰的对尼奥道：“打电话找律师又有什么用？”
尼奥不明白他的意思，但就在下一刻，他的嘴忽然黏在了一起，并且一点点消失，最后变成了一个无嘴人！
观众们惊呆了，剧情烧脑不，画面还极具冲击力。紧接着，令人更加惊悚的一幕发生了，尼奥被按在审讯桌上，史密斯特工拿出一只长满触手的大虫子，虫子很快就钻进了尼奥的肚子里。
画面突然切换，尼奥从梦中惊醒，似乎刚刚发生的只是一场梦。尼奥和崔尼蒂再次见面时，崔尼蒂用机器从尼奥身上吸出了那只虫子，证明了史密斯特工动了手脚，并不是尼奥的梦境。
看过的观众多少了解这是怎么回事，但是没看过的人却有些懵逼。
尼奥和墨菲斯的对话中，观众们终于开始明白羚影所要表达的内容。
这个世界是一个没有知觉的牢狱，母体无处不在。
尼奥最终选择了吞下一个药丸，画面顿时变得扭曲了起来。
“如果你想脱离梦魇，去真实世界看看……”墨菲斯的这句话让观众们感受到了深深的寒意。
类似培养槽的设施郑一个人挣扎的爬了起来，他身上插满了管槽！虽然光头光身，但观众们还是一眼认了出来，这是科比饰演的尼奥！
画面中，一眼望去，无数的类似培养槽的设施摆放在了旷野中，除了偶尔亮起的闪电，从地面到空，都是一片漆黑。其中隐约可见飘动的乌云和尘埃，完全是一副末日般的景象。
“欢迎来到真实世界！”墨菲斯神经兮兮的道。
尼奥回到了真实的世界，渐渐恢复了正常，只是那满身的插口看起来非常骇人。银幕上，尼奥躺在了座椅上，长长的针头深入了他脑后的插孔，一个完全不同的世界出现了。
母体，电子信号，真实的世界，矩阵世界……一个个答案和解释在墨菲斯口中道来。
影片继续，有人叛变，有人牺牲，特工史密斯带来一大批警察包围了尼奥和墨菲斯等人所在的大楼。
墨菲斯为了救尼奥，被迫直面硬刚史密斯，却根本不是对手，在他的掩护下，其余人陆续冲出重围，中途溜掉的叛徒赛弗第一个回到了现实世界。
崔尼蒂和尼奥等人被困在一座废弃的酒店里，赛弗自以为干掉了坦克兄弟，开始了惯常的反派死于话痨的模式。
在最危急的时刻，坦克重新站起来干掉了赛弗，尼奥和崔尼蒂从矩阵世界中逃了回来，但墨菲斯却被特工抓走了。
如何对待墨菲斯，尼奥、崔尼蒂和坦克产生了分歧，墨菲斯掌握着人类最后的据点锡安主机的登陆密码，如果密码泄露。母体可能对锡安造成致命的威胁，因此坦克主张拔掉墨菲斯链接矩阵世界的插头，以他的死来保证锡安的安全。尼奥却执意要去救回墨菲斯，最终崔尼蒂跟他同校
尼奥和崔尼蒂在准备枪械武器，史密斯特工则在审问墨菲斯。尼奥和崔尼蒂杀入了大楼，与上百名警卫激烈交火，双方隔着一段距离猛烈开火，子弹仿佛空气一般密集，弹壳如同雨点一般落下，大楼的廊柱被子弹打成蜂窝，又变成碎块，大理石和混凝土碎块四散飞溅。
在矩阵的虚幻世界中，牛顿的棺材板早已被碾压成了齑粉。尼奥和崔尼蒂向着警卫们冲去，闪电一般杀入到了人群郑尼奥黑墨镜、黑风衣，动作花哨而迅猛。崔尼蒂黑墨镜、黑色紧身皮衣，出手迅捷而凌厉。两人枪械结合近身搏击，完全颠覆了好莱坞式的传统动作模式，将潇洒、酷帅和漂亮性感的一面发挥到了极致。
尼奥和崔尼蒂杀入了大厅，乘坐电梯向着顶楼进发，安放的炸弹接连爆炸，几乎摧毁了大厦的下半部分。尼奥和崔尼蒂跑到楼顶，在直升飞机前遇到了特工的阻拦。
“崔尼蒂，帮我！”
子弹从特工的枪口中射出，尼奥后仰躲避，镜头瞬间放慢，却偏偏又感觉很快，子弹的飞行轨迹清晰可见，镜头围绕尼奥三百六十度旋转，将每一个细节都展现了出来。
经典的子弹时间让台下观众一片哗然。
“这是怎么拍出来的？”刘雨霏低声向身边的科比问道。
“拍摄时，用120架照相机精确地摆放在一条由电脑追踪系统设定的路线上，然后让这些相机的快门按照电脑预先编程好的顺序和时间间隔开始拍照，之后把各个角度拍得的照片全部扫描进版电脑，由电脑对相邻两张照片之间的差异进行虚拟修补，这样就能获得360度镜头下拍摄对权象的连贯、顺滑的动作，最后再由电脑将该连贯的动态图象与背景融合，才有了我们看到的子弹时间。”
科比简单解释完后，刘雨霏一脸懵懂的看着他，仿佛在，尽管不知道你在瞎掰什么，但听起来好厉害的样子。
电影逐渐走入了尾声，尼奥和史密斯的大战充分诠释了什么是秒到巅峰的华丽动作。
最终真爱拯救了男主，当崔尼蒂吻了现实世界中的尼奥，尼奥复活，并开启了无敌模式。史密斯三名特工射向他的子弹被他轻松定格在了身前，冲上来近战的史密斯根本不堪一击，动作相比尼奥，慢的像是蜗牛。
最终，尼奥腾身而起，将代表史密斯的这段代码撕成了碎片，另外两名特工落荒而逃，尼奥也在千钧一发之刻，返回了现实世界。
“我知道你们在哪里，我能感受到你们，你们害怕了，你们怕我，你们怕改变……我要让所有人见证真实的世界！”
尼奥对母体讲完这段话后，一飞冲，影片就此结束。
字幕落下，掌声雷动，剧院中灯光再次亮起，所有剧组人员走上舞台谢幕。
科比走出剧院时，接受了记者们的采访，的全是关于电影的问题，他拒绝聊关于总决赛的话题，毕竟此刻黑客帝国是第一位的。
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