但郑世佳却有自知之明和识人之智，认为自己不如秦晓。
“今日虽百王直何能为“，将权力让给秦晓，由他负责处理具体的事务，而自己“雍容镇率”的名义将权力转让给了秦晓。
当前方军事失利的消息传到京师后，举朝震动，城内人心惶惶。
六月初六日皇太后命皇帝异母弟弟监国，召集朝臣商议战守大计。
以韩红旭为首的一些大臣主张还都向南撤退。
而主张抵抗从郑世佳老兵部侍郎那里接过官职的秦晓则以历史上赵氏南迁的故事为反对迁都，并对皇太后晓以迁都的利害，征得皇太后的支持。
同样吏部尚书的郑世佳老先生、内阁学士陈循等人都赞同秦晓的策论，廷议乃决定固守。
八月十五日，秦晓等人针对当时的危急局面，采取了一系列措施，首先，诛除宦党，平息民愤。朝廷将清云谷失败的的罪魁祸首和主要将领抄家灭族，打击宦党的气焰，初步稳定了内部。
其次，八月二十日，文武百官请皇太后改立监国摄政的隋唐演登记称帝，史称隋代宗或隋景帝。遥尊被俘的隋唐宗为太上皇。
当时，也害怕匈奴挟隋唐宗作为攻城略地的政治工具。
秦晓则是提出了“社稷为重，君为轻”的口号。拥立杨云超即位，是为隋演帝，这样即使匈奴用皇帝威胁的阴谋也不能得逞。
再次，举荐人才，调兵遣将，妥善安排。原大同副将孟庭苇在“清云谷”中战败，单骑逃回，被贬官下狱，准备问斩。
秦晓认为，世界上没有常胜将军，而且战败的主要责任不在他。于是将其释放，并委任以京师总兵官的重任，统一指挥京师步兵部队。
在后来的京师保卫战中，孟庭苇指挥有方，英勇作战，战果显著。“论功，庭苇为最多，升任为晋侯”
同时，另以名将指挥京城的火器部队、骑兵部队和镇守大同、宣府、居庸关、紫荆关等重要关口，并严惩了一批贪生怕死、玩忽职守的将校。
另外，秦晓还改革了军制，把传统的“三大营”改为十个个团营，使其更加适应防御作战的需要。套用了镇云铁骑的编制。
经过一个多月的整军备战，秦晓手中兵精粮足，士气大振，严阵以待。
按照当时的体制，兵部尚书是不能直接指挥军队的。
为此，隋演帝专门下令，授权秦晓“提督各营军马”的重任，命在京的各营将领皆接受其节制。将士凡有违抗军令者，秦晓有先斩后奏之权。哪怕是皇帝言论有错，秦晓也可以立即训斥。
于是，秦晓担负起了全权指挥京师保卫战的重任，其地位仅次于皇帝。
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