对于多数国军高级将领来讲，南京属于一块绝地，无论是从历史经验还是从当下形势来说，固守并没有多大意义，还不如保存实力，因此主张放弃南京。
在讨论南京弃守问题而召开的第三次高层会议上，常年称病不出的唐生智出现在会场。与众多黄埔系、保定系高级将官一个个端坐姿势不同的是，这位高级将官却是蹲在椅子上，并且一会儿跳下来，一会儿又蹲上去。他的举动，完全与整个会场的氛围格格不入。
在会上，高级将领们纷纷陈述南京不可固守的理由，很快弃守南京便已经成为会场主流，似乎将要形成一致意见。而就在这个时候，唐生智蓦然起身，肃然而立，大声喊道：“现在敌人已迫近首都，首都是国父陵寝所在地。值此大敌当前，在南京如不牺牲一二员大将，我们对不起总理在天之灵，更对不起我们的最高统帅。本人主张死守南京，和敌人拼到底！”
唐生智在会场上的硬出头，顷刻扭转了会场氛围，再也没人主张弃守南京，一个个保持了端坐和沉默。
后来，蒋委员长发问：“谁负责守南京为好？”
面对蒋委员长发问，会场一片沉默。最后，还是唐生智打破了会场良久的沉寂，他主动请缨道：“委员长，军人以身许国，当此危险之际，何能畏难以求苟安。如果蒋委员长没有预定人选来担任，我愿意勉为其难，我一定坚决死守，誓与南京城共存亡！”
就这样，唐生智走马上任南京卫戍军司令部司令长官，担纲南京保卫战。大家都知道是他主动请缨，没有几个人知道，他的主动因为蒋委员长在会前单独找过他。唐生智知道他没有拒绝的理由，因为他知道，蒋委员长决定让他守南京，当然会有他不得已的苦衷，也知道他唐生智是南京城防计划的制订者之一。或许，这是蒋委员长选择他的理由。
南京是民国的首都，弃与守都是天大的事情。当初是他力主固守南京，现在如果自己先行撤走，他当然害怕历史的清算，他害怕成为历史的罪人，害怕受到后人的指责。因此，他在电话之中告诉顾祝同，必须先向守军将领传达清楚最高统帅的意图之后才能撤离。
唐生智的态度，很快便被上报武汉大本营。11日晚，武汉大本营来电：“如情势不能久持时，可相机撤退，以图整理而期反攻之要旨也”。
接到电报之后，唐生智与副司令罗卓英、刘兴和参谋长周斓研究之后，在12日凌晨召集参谋人员紧急制订的一份撤退计划和命令。他面前的撤退计划，便是这样出炉的。
在唐生智审视这份撤退计划之时，一份份战报陆续传来，让他的内心愈发惶恐不安。这时，他终于意识到敌人的真正强大，意识到疲惫的中央军如此不堪一击，感觉到南京城随时都有被包围的危险。
现在，他再也顾不上当初自己许下的诺言。突然之间，他想到了南京唯一安全的撤退之路----下关码头，顷刻背后惊出了冷汗。
唐生智极力地克制内心的不安，12日14时在南京卫戍军司令部对第78军第36师下达了维护城中和下关秩序的命令，主要内容是：“1、下关通浦口，为我军惟一交通路，应竭力维持秩序，严禁部队官兵及散兵游勇麋集，以确保要点；2、第74军在上新河镇（上新河）与敌激战，其后方交通应由汉西门（汉中门）与城中联系，禁止该军部队通过三汊河退入下关；3、着你部在挹江门至下关一带立即实际戒严，禁止一切活动。”
就在唐生智下达这份命令的时候，守城之战局又发生的重大变化。这时，日军谷寿夫第6师团犹如一条疯狗，他的左翼部队已经逼近水西门，第16师团、第3师团已经进逼中山门和光华门。而唐生智命令之中留给俞济时第74军指令撤退的路线随时都会陷落敌手，迫于这个残酷的事实，俞济时第74军派人前往三汊河架设浮桥，企图由此渡河再经下关码头渡江撤退到江北的浦口，却又被第78军第36师无情地劝阻和制止。
九月下旬，时任第36师师长的宋希濂，被国民政府军事委员会发表为第78军军长（兼任师长）。实际上，部队并没有扩编，仍然实际指挥第36师一个师。
在上海一战，第36师就被打残，待宋希濂率部撤守南京的时候，手下一万多人只有三千余人枪，在南京接收补充兵源近四千人，所部不过七千多人。而补充的四千新兵，大多数是新入伍的青年，有的连枪都没有摸过。
第78军第36师在三汊河北建立了防守阵地，就是要守护挹江门外、中山路南这片滩圩，防止日军由此突破，一路向北进逼和占领下关码头，甚至北上合围南京。相对于其他国军部队来讲，尽管第36师防守任务并不算重，但对于宋希濂来说，他知道自己这一个师只是比一个空架子强上些许，内心其实并没有多少底气。因为他知道这是一场你死我活的战争，他早已知道敌人的强大，他更知道眼下部队的战斗力。
正是因为这个原因，宋希濂最害怕友军擅自撤退冲击自己的阵地，动摇部队的军心。
而第78军由三汊渡河撤退，势必影响到第36师在三汊河方面的防御，这道防御与南京最后唯一的退路休戚相关。因此，第74军的举动，是宋希濂绝对不能接受的。
接到第36师的报告，唐生智知道，因为日军的破城总攻行动的进逼，南京守军的军心已经动摇。现在，他知道宣布撤退命令已经刻不容缓。于是，他准备下达全军撤退的命令。
然而，就这此时（下午三时），武汉大本营再次密电电令南京卫戍军司令部唐生智：“……若敌不敢猛攻，则只要我城中无恙，我军仍以在京持久坚守为要。当不惜任何牺牲，以提高我国家与军队之地位与声誉，亦为我革命转败为胜惟一之枢机。如南京能多守一日，即民族多加一层光荣，如能再守半月以上，则内外形势必一大变；而我野战军亦可如期策应，不患敌军之合围矣。”
蒋委员长电报中所称的国际形势“大变”，或许就是苏联出兵。但是，苏联是否决定出兵，什么时候决定出兵，都存在巨大的变数。
这个变数所带来的影响，再次把守卫南京的中国军队带进了濒死的危局。
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