明代将权，或者说总兵官的权力，经历着起起落落的发展过程。
明初，总兵官以武爵或武职充任，统领节制所在地区的都司卫所部队，并有督屯筹饷、管理马政、整饬城防器械、参奏文武官员、过问军人司法等职掌，权力广泛且高崇。
明中叶以后，总兵权力逐渐被督抚、巡按、御史、司道、郎中等文官所分解。
嘉靖以后，总兵所剩的职责主要是统兵作战，明确规定“如经略边务，随宜调度各镇将官，相机战守，此总督之职守也；整饬兵备，训练兵马，督理粮草，抚恤士卒，此巡抚之职守也；整饬兵备，申严号令，振作军威，相机战守，此总兵之职守也”，并受节制、监督于督抚。（《明世宗实录》卷315）
明末，随着战事愈加频繁，总兵官的权力逐渐提升，有的将领更不听文臣节制。东江军镇离心势力的滋长，并最终成为边疆的一割据势力，其根源正是辽东战争背景下将权的恶性膨胀。
镇江之役后，毛文龙开辟了抵御后金的第二战场，舆论纷纷要求派兵支援并接济毛文龙，并授予他独当一面的指挥权。
明廷为鼓励毛文龙从事敌后活动，便任命毛文龙为平辽总兵官，赐予尚方剑，加指挥佥事。
明代中后期任命总兵官的敕书一般要求将领与督抚商议军机而行，或者明言受督抚节制，但是毛文龙的敕书直书“便宜行事”四字，这在当时是个特例，又有尚方剑在手，事实上已握有专杀和便宜行事的大权。
毛文龙大权在手，逐渐逾制，扩张权力。
首先是违制夺巡按、御史之权举劾文武官员。
《明熹宗实录》卷30天启三年正月载督饷御史江日彩疏言：“援辽总兵毛文龙孤臣势处艰危一疏，将征东将士、海委运官，效按臣报命之典，人列四六考语，特疏举刺，甚至朝鲜君臣与夫宰执、经略、督饷、部院、司道、主事、登莱巡抚、海防各道以及于臣，无不人列姓名，褒荐无漏，臣不胜骇异。举刺大典，非武帅可操，坏法贻羞，所伤不小。乞垂谕戒”。旨下该部知之。
又《两朝从信录》卷23载，天启四年七月，毛文龙呈进地图，并陈战守粮饷军需事宜，得旨“本内保举官员甚众，以后不系军中紧要事情，不得轻议”。
《崇祯长编》卷5崇祯元年正月丁卯载，“毛文龙镇东江，请得举劾文吏，昌言揭争非制，文龙憾之，乃造蜚语中司饷同知翟栋。栋被逮，昌言发愤呕血卒”。
而《牧斋初学集》卷53《山东青登莱海防督饷布政使司右参政赠太僕寺卿谭公墓志铭》载“海外俘级日侈，交关逆奄魏忠贤，张大其事，规觎封爵。公坚持之，弗与勘覆。岛帅益骄，构内旨，得举刺文吏，造蜚语，中管饷同知翟栋，缇骑突至，械翟于公座，公叹曰‘以我故，累廉吏，而不能救，何以生为？’愤懑不食，呕血数升，顿致赢疾。亡何，遂不起。”
翟栋被逮事，《明熹宗实录》卷48载，天启四年十一月，“是月登州府同知翟栋扭解来京究问，以毛文龙参之也。此为逮问之始”。
又《明熹宗实录》卷64天启五年十一月庚辰载，登莱管饷同知毛应时因不愿支给额外商价得罪毛文龙，毛文龙“疑管饷都司毛应时勒贿阻商，具疏参之”。
其次是与登莱的文武将官闹矛盾，逐渐不受登莱抚臣节制。
毛文龙既任东江军镇总兵官，先是与登莱总兵沈有容相失。
毛文龙与沈有容闹矛盾主要是因为两件事：
其一是刘兴祚约降事。
当时刘兴祚通信谋反正，谕令登莱总兵沈有容与东江总兵毛文龙率兵接应，谋取南卫，不意水兵上陆被后金擒人焚船，“复州之人欲叛”的消息传闻于努尔哈齐（《满文老档·太祖朝》），致后金屠迁复州军民，沈有容与毛文龙相互指责。
其二是收复金州之事。
沈有容认为“金州孤悬海外，登州、皮岛倶远隔大洋，声援不及，不可守”（《明史》卷270《沈有容传》），东江镇属下麻洋岛守备张盘率兵乘后金弃城敛兵之际入居金州，希望登莱之兵协防金州，但是登兵并没有积极协防救援，毛文龙愤慨道“无奈西来之将，每见冰解，虎势稍宁，遂则扬帆至鲜，鬼溷一番，或杀顺民，拐带子女，猛见风高，委称验功，超然而去矣”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启四年二月十六日塘报》）
接着又与登莱巡抚武之望严重不和。
明廷在登莱设立抚臣，原本是防范后金南下，并与山海关、广宁成三方并进之势，其职责是节制登莱与东江两镇、清核兵马钱粮、稽查功罪、调发分防、规划信地营制等。
毛文龙作为东江镇总兵官，虽有便宜行事之权，但程序上还是要受登莱抚臣节制。
天启五年正月，原属东江信地的旅顺失陷，在旅顺防守的责成上武之望与毛文龙出现矛盾。
这年三月，武之望上疏明廷裁断旅顺信地应归属登莱，还是归属东江，兵部的意见是“旅顺应属登州必然之画也”，“今已设游击一员专守旅顺，当专属登抚节制，其分岛各官听登抚择人分布，咨题授职”，熹宗“是之”。（《明熹宗实录》卷58）
旅顺游击张攀为东江镇属官，奉朝命来旅顺任事，已经一月，毛文龙因“回文不及”，未知朝命，竟派遣张继善等四员将领前来驻防，并于五月十九日将所在兵民全部载回东江，旅顺之防遂空，此事毛文龙竟“前后并无知会文移”（《明熹宗实录》卷61）
对这种擅权的做法，武之望颇有怨言，因而上疏请专一事权，并惩处勾敌的曾有功。
六月，毛文龙上疏反驳，称“若张攀者，臣实幸其去。据其哆谈忠义，似可大用，然投之握算，不知纵横，恐力小任重，有负所知耳”，又袒护曾有功，称登莱官将“张盘、朱国昌虽死犹生，视之奸逃将竟席府库为己资，旋择膏腴为三窟，不啻天壤。使其窜伏内地，不生忌懻，不作风波，犹之可也，今且鸣张盖，含沙射人”。（《东江疏揭塘报节抄》卷3《天启五年六月初十日塘报》）
该年八月，又有换俘之事，武之望上疏言“查登镇素无解东夷语者，臣等不能辨其来历，据外议啧啧，犹有不敢尽言者”，言外之意，个中有不可告人的隐情。（《明熹宗实录》卷62）
九月，武之望上疏弹劾毛文龙“专制海外，糜饷饰功，擅权横恣”，请设重臣驻扎于石城岛、广鹿岛适中之地，节制两镇。”（《明熹宗实录》卷63）
毛文龙以饷银召买商货，超额近一倍，武之望不愿支给额外部分，毛文龙让武之望代请增饷，武之望又不许，因此，两人势同水火。
该年闰十一月，毛文龙上疏诬诋武之望，武之望愤而上疏奏辨，并求罢：“臣初抚登时期与文龙同心共济移书相劝勉，捐资相接济，乃数次文移，杳无一字相应也。既而捐米助张盘，以救水火之民，不惟不以为德，而且以为摇夺矣。曾有功勾虏陷张盘，臣查提以正奸之罪，不惟不以为罪，而且以为陈国才嫁祸诬害矣。
至七月中，忽移文相继而至。一则铁山失火实有其事，而移文于臣，却谓登官造谤，令臣戒谕之。一则赊欠商货，万口喧腾，而移文于臣，反谓登官挠阻，令臣究治之。一则朱家龙得罪该镇不知何故，乃差官相继锁拏，而又移文于臣，谓家龙以饷银二万余馈送登州士绅及各上司，令臣拘解过海究治之。而屡疏言旅顺事，其言揶榆诋诬，无所不至，臣虽不足惜，独不虑轻朝廷而辱节钺之体耶？”（《明熹宗实录》卷65）
明廷认为毛文龙为后金所忌必当容护，登莱巡抚又不可裁撤，于是决定将武之望升调，而“登抚员缺另行推补”。
这样，武之望与毛文龙的矛盾，就以武升调南京吏部右侍郎，毛继续任事而告终。
明廷自以为这是既重封疆又存纪纲的良法，殊不知这客观上助长了毛文龙的跋扈之势，正如山东巡抚右佥都御史吕纯如所担心的那样“登镇者以节制海帅，非受海帅节制者也。若以同事睚眦，遽撤之去，则目前之纪纲倒置，而日后之钤束更难矣”。（《明熹宗实录》卷66）
不受督抚节制，专擅跋扈，毛文龙的这个问题在天启年间是逐渐养成的。
武之望去职后，弹劾毛文龙“此其跋扈之势与古安史何异”，这个说法存在个人恩怨的成分，其实毛文龙的军阀跋扈之势完全显现是崇祯初，此时尚不是非常严重。
再谈毛文龙对军队的控制，主要指毛文龙在军队中培植亲信势力，力图将东江军打造成依附他个人的私人武装。
东江镇的武将集团可分为四部分。一是航海来援的南兵军官，即所谓南官，这部分军官不多，俸银极微，据毛文龙称“乃海外南官七年以来，未微半年之俸”，天启七年二月南兵军官才得以按辽官例支给俸粮。
二是投奔毛文龙的原任辽东都司卫所军官，数量不少，但是多无俸粮，据姜曰广、王梦尹称“三韩既陷，辽东各卫指挥、千、百户等官逃归内地者固多，而就便逃归东江者亦不少。除毛文龙已用者不计外，尚有二百六十余人。有未袭职者，有袭职而无俸粮者，无不愿食公家一日之俸而效一臂之力”，至天启六年九月才定给予俸粮。（《两朝从信录》卷31）
三是毛文龙提拔、便宜札授的辽兵军官。这部分授职的辽官与前述南官、原任辽官至天启七年开始给俸，定岁给俸银三万二千九百三十八两，崇祯初裁减至一万两。（毕自严《覆登抚督师台省核定东江饷额数疏》）
四是由原广宁从征家丁及毛文龙子侄组成的骨干军官，这部分是东江镇武将集团的上层势力，盘占军中要职，与毛文龙关系最为亲密。如毛文龙从子毛承禄为东江镇副总兵，姻亲陈继盛为副总兵，张攀、张继善、王辅、尤景和、王承鸾、孔有德、耿仲明等人为广宁从征家丁，前后都累官至参将、游击而据守一方。
毛文龙在东江军队中培植亲信势力，一是利用赐姓命名的方式，以收作养孙的名义，与军中将官建立一种类似血缘关系的人身依附关系。
毛文龙家族按辈分排列，其下辈为“承”字辈，孙辈为“有”字辈或“永”字辈，故毛文龙的养孙多以“永”、“有”起名。如降金三将孔有德改名毛永诗，耿仲明又名毛永杰，尚可喜即毛永喜。东江军中自上而下的军镇要职都是由毛文龙的养孙所担当，毛文龙正是凭借这些亲信势力来控制东江军队。毛文龙对毛姓军官和非毛姓军官的待遇悬殊，如《朝鲜李朝仁祖实录》卷18仁祖六年四月乙未载，陈继盛称“冒姓毛人则厚其廪料，其他将官则待之太薄”。
正因如此，东江军队中有大量的军官冒称毛姓，据袁崇焕称竟达数千人之多，可以说东江军完全可以称为毛家军了。
毛文龙培养亲信拉拢人心的另一个手段是滥授职衔。明廷赋予毛文龙札授便宜本是希望积极策反降金的汉官并鼓励将士杀敌建功，但是毛文龙在实行中却凭一己之好恶，滥用札授，致东江镇中军官冗杂，军制混乱无纪。
如《明熹宗实录》卷75天启六年八月己巳载王梦尹称“东江给札授衔为鼓舞士心设也，岂容今日一都司，明日一游击，宜令帅臣屯酌授职，则得官不滥，而人更知荣以思奋”。
又《崇祯长编》卷23崇祯二年六月戊午载，袁崇焕称“命姓赐氏，即朝廷不多行，文龙部下官兵毛其姓者数千人，且以总兵而给付参、游、守之札部下千人，其走使舆人俱参、游名色，亵名器，树爪牙，犯上无等”。
卷25崇祯二年八月庚午载，袁崇焕整顿东江兵马称“其将领所用仅三十余员，而彼中副、参、游、守无算，即登戎籍已四百余员”。
又《续杂录》记载“标下将官副、总、参将、游击、守陴，其数甚多，与夺一从爱憎。诸毛及其所爱，皆安享爵禄”。
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