此时葡萄牙和荷兰正在联合当地的政权挤压对方的势力，先是葡萄牙和柔佛一起打败了亚齐，之后荷兰又联合柔佛一起对付葡萄牙和亚齐。对于明朝的到来，他们虽然从内心予以排斥，但表面上还是假装十分欢迎，纷纷到旧港向王延祚和施大宣表示祝贺。
对于马来半岛上的混乱局面，大明内阁中枢一致认为应该采取隔岸观火的策略，不要过早的介入欧洲列国和当地藩属的纷争。不过在朱由校看来，既然明朝是宗主国，就应该有宗主国的威严，对于外来势力必须零容忍。很快郑芝龙就接到了密旨，将过路费提高到原来的十倍，那些不配合的外国船只一律击沉。王延祚和施大宣则联合暹罗、真腊、占城的使者出访柔佛、亚齐等苏丹国家，分别从他们手里得到了槟城、狮子城，以及马六甲沿岸的大片土地。随后朱由校又从东瀛、南安、吕宋等地迁徙人口，在当地修建城堡，开垦耕地，成为马六甲一带最强大的地方政权。
朱由校如此大费周章的重返旧港，一是要控制马六甲海峡，将南海及周边岛屿全部纳入大明版图二是联合暹罗、真腊的力量消灭外来势力，将整个东南亚变成佛教国家，可是内有错综复杂的番邦局势，外有船坚炮利的欧洲强敌，朱由校知道仅凭王延祚和施大宣是难以完成的。为此他先是任命郑协为华远贸易公司的马六甲总督，然后盘算如何选派一位宗室亲王驻守狮城。
郑协本是郑和在南京牛首山的一支，当年朱由校途径南京并拜祭郑和墓，下旨破格录取一批郑氏子孙到太学深造，郑协便是其中一员。郑协天资聪颖，长相又极其俊逸，很快成为天之骄子。当他听闻皇帝“郑和之后再无郑和”的感叹后，立志要继承先人的遗志，弃笔从戎进入宁波海事学院，几年后升任舰长，成为南居益手下的一名得力干将。在他离京之前，朱由校特意在瀛海设宴，一是为这位即将远赴南洋的壮士践行，二是交待一些不便公开的事。
酒过三巡，朱由校示意旁人退下，将郑协唤至跟前，轻声问道：
“你是朕钦点的财政官，此去马六甲路途遥远，南洋危机四伏，凡事先要自保才能图深远，一定要谨慎处理与外人的关系。”
皇帝耳提面命，郑协自知此事非同小可，恭谦的回答道：
“臣不怕路途艰险，只愿此去不辱君命，报答圣上的知遇之恩。”
朱由校微微点了点头，非常严肃的说道：
“马来亚半岛和苏门答腊岛上政权林立，其中要数柔佛和亚齐的势力最强，不过他们都属于苏丹国家，与暹罗、真腊等国矛盾尖锐。另外老牌的海洋帝国葡萄牙、西班牙信仰天主教，而英格兰、荷兰信仰新教，内部也是纷争不断。
此去马六甲你名义上是华远贸易公司的地方总督，一定要利用贸易便利拉拢暹罗、真腊等佛教国家，以及英格兰、荷兰这样的新教势力，以最短的时间帮助大明控制马六甲海峡。”
对于这个驱狼为兵的计划，郑协听起来非常吃力，虽然他是大明精英中的后起之秀，但郑和七下西洋的阅历还没有完全侵入他的骨髓，要想恢复先人的壮举，光有勇气是不够的。不过朱由校给他的任务是占据槟城和狮子城，再加上王延祚控制的旧港，南北呼应形成对马六甲海峡的绝对控制，后续的任务将会有一位历史上的狠人出面摆平。这位狠人不仅要有文韬武略，还得有一定的政治地位，思来想去也只有朱由检了。
朱由检原本是历史上的崇祯皇帝，满人的一部明史将他诋毁的一无是处，仿佛他是一位志大才疏、刚愎自用的昏君。正所谓“流丸止于瓯臾，流言止于智者”，他接盘的大明公司早已千疮百孔，能坚持十七年绝非易事，而且他最后以死谢罪足见其忠烈，从道义上就比那个伪满洲国要强千百倍。
先前朱由校命他迎娶了暹罗公主，有这层裙带关系自然可以得到暹罗的全力支持。为了尽量迎合历史，朱由校又命张嫣以皇嫂的身份为他挑选王妃，在各种机缘巧合之下选中了嘉定娄塘人周奎的女儿周玉凤。
第一次见到这位“周皇后”，朱由校觉得她体格瘦弱，性情严谨，虽能和睦妯娌，但并不适合母仪天下。尤其是她的父亲周奎，肥头大耳间有一副市侩的嘴脸，让人看了很不舒服，为了照顾朱由检的情面，朱由校才封他为嘉定伯。
关于这个周奎，史书有记载。当初李自成兵临城下，崇祯皇帝要求大臣们捐资助饷，作为国丈的他只答应捐白银一万两，事后崇祯要他捐两万，周奎便向女儿诉苦，说自己是多么的清廉节俭，要求皇后把钱退还给他。李自成打入北京后，周奎一家都被斩首抄没，据说光白银就有五十多万两，其他财物不计其数。
此时朱由检早已进入军机处，每日与孙承宗、熊廷弼、朱夔元、李邦华、阎鸣泰等人学习军马钱粮之事，自然知晓皇帝对自己的期望。新婚不久他便带着王妃入宫觐见，一同前来的还有驸马刘有福一家。
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