目前朝堂里有半数以上的大臣是朱由校直接提拔的，特别是武将都曾跟着他北伐和西征，无不崇尚皇帝的披坚执锐，舍生忘死。他们见朱由校语气坚定，心知大战来临，征服倭国与以往陆战不同，需要海军的鼎力支持。孙承宗作为帝师，深知当年太祖朱元璋不争倭国的无奈，上前劝谏道：
“有明一代倭寇祸乱东南，劫掠不尽，死伤无数，大明百姓对其恨之入骨。如若圣上振臂高呼，天下必然响应，可以说抗倭几乎不需要朝廷进行动员便可以全民皆兵。不过北方初定，民族联盟和丝绸之路都需要派出军屯驻防，如此广阔的疆域也需要设置流官管理，这至少需要十年的时间。”
对于孙承宗的建议，朱由校也知道目前远征倭国并不是当务之急，朝廷的首要任务是消化东三省和河套、贝加尔湖、吐鲁番、青海的疆域，然后持续推行新政，通过军事改革和公路网建设强化对传统的两京一十三省的控制。不过随着海外贸易的繁荣，倭寇的隐患愈发严重，这种潜在的威胁就像搂着一颗不定时炸弹，始终让人无法安心。
“朕看宫廷档案，嘉靖末年戚少保和俞将军彻底平息了倭患，但他们的主力尚在，转头便前往南洋一带作乱。商周祚和南居益、沈有容他们都曾与这些倭寇交战，具体的战况就由南爱卿给大家讲讲。”
与倭寇、红毛夷的海战是南居益的成名之作，数次交手都以少胜多，这才引起朱由校的重视。目前南居益已由福建巡抚调任东海舰队的总督，与东部战区都督洪承畴共同负责征服倭国的战略，可谓红极一时，位高权重。青云直上的南居益深知今日之功全依仗小皇帝鼎力支持，对其感激涕零，闻听朱由校的话后恭谦的上前回道：
“启奏圣上，天启二年臣巡抚福建，曾在东沙群岛一带与倭寇的村上舰队交火，一战尽数歼灭了一百多艘战船。今年年初，华远贸易公司的商船遭到西班牙的骚扰，臣与郑芝龙将军一同在澎湖海域将其击败，并生擒夷王高文律。”
南居益轻描淡写的讲述了两场海战的经过，朱由校深知其对中华民族的意义，郑重其事的说道：
“南爱卿两次抗击外族，与先前的戚少保、俞将军、胡总督以及现任两广总督的商周祚都可以称作中华民族的英雄。只是夷人虽败，但元气尚在，要想彻底消除海患还有很长的路要走，切忌骄躁。”
说完他不等南居益回话，转头又对黄克缵说道：
“朕听萱萱说你的老家时梅林，想必黄五部少时也曾亲眼目睹过这些倭寇和红毛夷是如何祸害沿海百姓的？”
朱由校之所以要拉自己的太岳下水，是因为两日前黄克缵的一封奏折，其中提到了发生在万历三十一年的吕宋惨案。为此他命曹化淳调阅宫廷档案，仔细阅览了这段屈辱的历史。
十六世纪晚期，福建华人与西洋的贸易迅速发展，大批华人前往菲律宾定居，人口达数万之众，被英、荷、西、葡等国视为眼中钉。此时明朝也在反思与倭寇的作战，其中《筹海图编》、《嘉靖东南平倭通录》等权威著作中都认为这些人当中真正的倭奴只有十分之一、二，其余都是逃往海外的华人。为了讨伐这些吃里扒外的内奸，明朝地方官员伙同西班牙人一同进攻在吕宋岛林加延湾自立为王的巨盗林凤。
在这种背景下，公元1603年西班牙人对华人进行第一次屠杀，无辜的冤魂有三万多人，后来阿发洛斯把俘虏每两人捆成一对交给当地的倭人屠杀，然后将死者的财产进行私吞、拍卖，强盗本性暴露无遗。
（注：第二次屠杀发生在崇祯十二年，因与剧情不合，此书中不再讲述。）
吕宋惨案又称大仑山惨案，这是白种人第一次对中国人进行有组织的大规模屠杀，因此事发生在海外，朝廷又仇视这些通倭的内鬼，所以并没有引起神宗皇帝的注意，只是断绝海泊、兵屠釜山来防止引火烧身，甚至有些官员还幻想西班牙人乃“聪慧审慎之人，必为屠杀如此大量华侨而追悔莫及”。
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