师徒二人回营后，继续随炎黄联军与九黎部落征战。
却说蚩尤率领的巫族大军战力极强，手下亦有各种能人异士，双方僵持不下，都奈何不得对方。
但九黎部落远离老巢，虽占了炎帝旧都，所得物资却是有限，时间一长粮草便有些供应不上了。
蚩尤遂决定先率部撤退，凭借后方布置好的“十二都天神煞大阵”，与炎黄部落联盟决一死战。
回程途中，蚩尤命部下用巫族秘法，降下大雾。
在后面追击的炎黄部落联军陷入迷雾当中，不辨方向，只能困守原地。
危机时刻，神鸟精卫从天而降。化为人形后，献上一辆指南车。问及来历，却是截教首徒多宝道人所制。
炎黄部落联盟在指南车的帮助下，冲出迷雾，撵上了蚩尤部落大军，双方又是一场大战。
人、巫两族大军，为了成为洪荒大陆的主宰，展开极为惨烈的战斗。
在人族看来，他们是女娲娘娘所造，也是承载天地间灵气所生。可惜诞生之初，洪荒大陆为巫族统治，人族苟且偷生，活的十分艰难。
若非巫族狂妄自大，竟与天庭开战，两败俱伤，哪有他们壮大的机会，今日更不能令巫族余孽翻盘。
蚩尤则动员他的兄弟们，巫族承袭盘古血脉，统治洪荒大陆数万年，如何能被小小人族骑在头上，愧对祖巫和一众大巫们创下的赫赫名声啊！
想当年，他们连妖族天庭都覆灭了，还怕区区人族吗？
当年只是因为族人大半重伤，不得已暂时托庇于人族罢了。
如今既竖起巫族大旗，那是宁死也不能投降的！
巫族本就暴怒无常，听了蚩尤的演讲后，无不奋力血战。
偏偏炎帝部因为首领老迈，将领伤亡过多，成为联军软肋所在，差点被巫族一个反冲打崩。
关键时刻，精卫冲天而起，由凡人之躯化作双翅展开有数丈之长的神鸟，光芒闪耀犹如凤凰一般。
巫族见状纷纷放箭，精卫双翅一煽，数不清的箭矢尽数被打回。
随即利爪在虚空中奋力一划，但见原本平坦的土地上，出现一道宽约百米，深几十米的沟。
镜头升空俯拍，但见这条沟绵延开来，竟将黄河、淮河的水系勾连起来，渐渐的蓄满了水。
而精卫所划的这条沟，原是在九黎部冲锋的路上。
所以，约有万余九黎部精锐，就这么与大部队隔开来了。
公孙轩辕见状，忙命众将围攻这伙巫人，最终将他们都消灭在形成的“河水”面前。
蚩尤见状，急惶惶逃走，准备凭借“十二都天神煞大阵”翻盘。
倒也赶了回去，奈何原本想着主持阵法的八十一个兄弟们，在之前的数场大战中，已经没了三分之二，阵法的威力自然大幅缩水。
被破阵后，蚩尤带着手下还想跑，却被团团包围住。
往东方去有精卫、玄嚣拦着，往西去有应龙守着。南方有女魃，北方有广成子，个个都不好惹。
最终，众人一拥而上，应龙斩杀了蚩尤。精卫亦在玄嚣的帮助下，亲手杀了害她坠入东海的风伯，算是报了仇。
影片的最后，炎帝病故。
公孙轩辕所并其部众，称黄帝，为新的天下共主。
玄嚣、精卫一同离开，浪迹天涯。
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