在明朝于后金陷入苦战的时候，他应难而出，代替王在晋成为蓟辽督师，不仅修筑关宁锦防线，大城九座，小城堡四十余座，更是收复失地四百余里。
军事上他选拔培养人才，犹如如马世龙、袁崇焕等一批文武将领，练兵十一万，各个精兵善战。
农业上他屯田五千多顷，安置战争产生的难民近百万。
在他的领导下，曾逼迫努尔哈赤后退七百里可以说是功勋卓着，本来宁远城在他的修缮下已经做好了反攻的准备，无奈朝中小人遭谗，同时朝内阉党魏忠贤企图扩大全力，招揽孙承宗不成，顿时遭到他的打击，辞官回乡。
纵览他的功绩，朱由校记孙承宗大功，让他的儿子世袭锦衣卫千户。
等崇祯朱由检即位的时候，他选择了启用王在晋任兵部尚书。
王在晋憎恨孙承宗，为他之前提出的八里铺筑城被阻止恼怒，可大军压境的时候，他的那些盟友已经放弃了他，纷纷私底下商议让皇上接孙承宗回朝。
时机上崇祯比他们想象的要聪明的多，因为此刻的他已经和孙承宗促膝长谈了。
“爱卿，眼下皇太极已经快到了遵化城外了，你有何良策退敌”崇祯强忍镇定的问道。
“满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是防守的好策略。但又听说尤世威回昌平，侯世禄驻守通州，有些不合时宜。而且袁崇焕此刻的行踪为什么没人知道在哪里”孙承宗疑惑的问道。
“袁崇焕派了不到一万铁骑前来，领军的是赵率教和吴三桂。听说吴三桂是个不到二十岁的娃娃，他当真是自信的狠啊！”崇祯面泛怒气的说道。
“唉！”孙承宗深深的叹了口气，他如何不知道自己这个学生，袁崇焕素有大才，按照他自己的想法根本不把后金放在眼里，他一定去了辽东。
这个策略是对的，他在赌，皇太极也在赌，袁崇焕的赌面虽然大，但是他犯了一个错误，他千不该万不该把皇帝当赌注啊！
为帝者心胸再宽广也不会容的下他。
想到这，孙承宗说道“陛下，袁崇焕绝无反意，想必他有自己的办法吧！”
崇祯冷哼一声，没有说话。
“陛下，恳请让老陈官复原职，我将调关宁军大将祖大寿、何可纲前来驰援，老臣前去守卫通州”。
崇祯若有所思的点了点头，当即下令孙承宗官复原职，同时兼兵部尚书，提京师一切事物，同时诏令东厂都位曹化淳带领所有东厂、锦衣卫的人前去城头守城，同时京城官员、大户给家必须派出家丁协助
至于孙承宗为什么要亲自守通州，正和崇祯心意，通州对于北京可是极为重要的价值，是京师最大的粮仓。
通州是伴随着运河开通繁华起来的城市，在元代以前并不存在，“相传元以前无称城，元末……始编篱为城。”
元代，通惠河开通，漕运大兴，建通州仓，在通惠河南岸修筑篱城，始有通州城的雏形。
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